所有鱼类都有对抗疾病的免疫系统，尽管这个系统远不如哺乳动物的先进。该系统分为两个主要部分:防止身体入侵和内部病原体处理。
物理保护的形式有鳞片、真皮和表皮层。它们提供了对环境中物理伤害和疾病有机体的防御，而含有杀菌剂和杀菌剂的黏液覆盖层进一步改善了这种防御。粘液膜是不断更新的。它可以帮助去除鱼身上的碎屑，防止寄生虫附着在鱼身上。
病原体仍然可以通过身体损伤或消化道进入鱼的身体。尽管消化系统有活性酶和对病原体非常不利的pH值，但疾病有时还是会存活下来。压力也会成为一个问题，如果它导致肠道堵塞——厌氧发酵和活性酶可以攻击肠壁，使其足够削弱，允许疾病进入。
鱼的免疫系统的效率受到它所处环境的影响。寒冷的海水减缓了系统，因此受感染的鱼倾向于表现出“发烧症状”，并前往温暖的地区。冷水可能会也可能不会影响感染:如果它不能减缓病原体和免疫系统的速度，死亡是不可避免的。
鱼类血液中的物质提供了一些一般的免疫力:抗病毒化学物质干扰素和c反应蛋白能立即攻击细菌和病毒。
一旦检测到病原体，鱼的身体就会协调抵抗:首先，封闭入口点，纠正任何渗透调节问题，阻碍异物的发展。组胺和其他产物是由入口处受损的细胞产生的，引起炎症并使血细胞关闭。纤维蛋白原(一种血液蛋白质)和凝血因子同时形成纤维蛋白屏障，形成物理屏障。白细胞被吸引到同一区域，并将异物带走，带到脾脏和肾脏进行处理。
不幸的是，许多细菌都有办法击败这些防御，要么产生一种溶解剂，破坏纤维蛋白，为感染打开道路，要么释放毒素，攻击和杀死白细胞。
肾脏和脾脏产生专门的抗体来对抗每种特定的抗原(入侵性疾病)。这个过程可能需要两个星期。抗体将自己附着在抗原上，并通过三种方式之一对抗它:
- 解毒——这样白细胞就可以消化并破坏它
- 吸引“赞美”——另一种帮助摧毁抗原的血液成分
- 抑制繁殖-阻止抗原的增殖
在所有的免疫系统中，对付熟悉的抗原比对付新抗原要快。该系统反应更快，抗体已经存在，它们与抗原接触后繁殖速度极快。这和接种疫苗的原理是一样的，在疫苗中加入解毒的抗原，让鱼有时间产生适当的抗体而不会有危险。如果晚些时候出现全面的疾病，免疫系统可以更快地启动，生存机会也会增加。
值得注意的是，环境污染也会阻碍免疫系统，降低鱼对病原体的反应。